病理検査は、人体から採取された組織や尿・喀痰、婦人科擦過材料を使用してスライド標本を作製し、基本のHE染色（ヘマトキシリン・エオジン染色）のほか、特殊な色素を用いた染色を行い細胞核と細胞質を染め分け、必要に応じて特定の成分のみを選択的に染め上げる特殊染色や免疫染色を実施し、組織診や細胞診検査を行います。

組織診検査は、作成された病理標本について、顕微鏡下で病理専門医が病理診断することで、多くの場合は最終的な病名の確定診断となります。検査材料は、内視鏡外来等で採取するポリープなどの生検組織や、手術中に摘出された臓器などがあります。

細胞診検査は、尿や喀痰に含まれる細胞や、婦人科擦過材料や内視鏡検査による病変部の擦過材料などから得た細胞について、パパニコロウ染色などのスライド標本を、細胞検査士が細胞の一つ一つを確認し、疾病を分類しその性状を究め、病因や成因の判定を行い結果報告します。なお、悪性の疑いがある場合は、最終的に病理専門医が診断します。

定期健康診断やがん検診で、がんの疑いがある患者様に対し問診、触診、視診といった基礎的な診察が行われます。必要に応じ超音波検査やCT・MRI等の画像診断、血液検査、腫瘍マーカーの検査が行われます。

しかし、これだけの検査ではがんの確定には不十分で、組織標本を作製し病理専門医によって組織・細胞診検査は細胞顕微鏡レベルで調べ判定することにより、がんが確定され、病気の原因や進行状況、今後の治療方針、治療効果の判定が主治医により行われます。
このように病理検査では作製されたスライド標本を用いた病理専門医による顕微鏡下での評価により最終的にがんが確定される重要な特長を有しています。