発熱や咳、下痢などの症状から感染症が疑われる場合、その原因が細菌なのかウイルスなのかを特定することが必要です。細菌検査では、人体から採取される様々な検査材料（喀痰、尿、糞便、血液、膿など）から、感染症の原因となる菌を検出し、その菌の種類を同定します。

検査内容は、検体材料を直接スライドグラスに塗抹して染色（グラム染色や抗酸菌染色）を行い、顕微鏡下で細菌の有無や形状、色調を観察する塗抹検査。検査材料を培地に塗布して培養し、発育した菌種を同定する培養同定検査。発育した菌に対して、治療に有効な抗菌薬の選択をするための薬剤感受性検査では、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）などの多剤耐性菌の判定を行っています。

また、ウイルス抗原検査や、菌が産生する毒素検査も行っています。

受託した検体材料ごとに、一般細菌、真菌、特殊目的菌について、ご依頼された目的菌に応じて選択培地を付加し、各々に対応した培養方法（好気、嫌気、微嫌気、炭酸ガスなど）で分離培養を行い、感染症の原因菌を検出します。また、臨床所見をご記入していただくことにより、疑われる菌を検出する培地を付加し培養を行います。

血液培養では、菌血症や敗血症を疑う患者さんの血液中の微量な菌を検出するために、血液培養自動分析装置を使用して増菌培養を行います。

同定検査では、菌のタンパク質をイオン化し電圧をかけることで、イオン化された試料を装置内部で飛行させ、構成タンパクの質量荷電比と強度によるマススペクトルパターンから菌種を同定する質量分析装置や、各種基質利用による生化学反応を自動測定し、その反応パターンから菌種を同定する全自動同定装置を用いています。

薬剤感受性検査では、全自動感受性装置により薬剤が濃度別に固相化されたウェル内で被検菌株を含んだ液体培地を接種し、菌の発育状況により最小発育阻止濃度を検査する微量液体希釈法や、薬剤を含ませたろ紙ディスクを使用して検査を行うディスク拡散法があります。耐性菌の判定できる薬剤も一緒に検査を行うことで耐性菌判定も行っています。